J'ai terminé une étape cruciale dans mon doctorat car j'ai terminé de collecter les données sur le terrain. J'ai ramené de nombreux échantillons d'ADN de mes colonies de chauves-souris au Panama que je suis actuellement en train d'étudier. La première étape consistait à "extraire l'ADN" des tissus, c'est à dire isoler l'ADN des tissus ou des cellules. Un grand merci à Evi, la technicienne de labo en Allemagne qui m'a beaucoup aidé pour cette partie très chronophage. Je suis actuellement à Londres, dans le labo de Stephen Rossiter à la Queen Mary University of London pour l'étape suivante. Une fois l'ADN extrait, je m'occupe d'obtenir l'information génétique des individus. Pour ce faire, j'utilise la méthode des microsatellites - des séquences d'ADN à motifs particuliers. Ces microsatellites sont utiles pour étudier les liens de parenté entre individus. Le but de mon séjour à Londres est de constituer ce jeu de données génétiques qui me serviront plus tard à réaliser ces analyses de parenté. Quelques photos ci-dessous pour illustrer mon travail au laboratoire.
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En plus de mon projet de thèse, j’assiste Sébastien pour son projet de Master. Le but du projet est d’étudier la relation entre température, fréquence cardiaque et taille de groupe. Nous travaillons sur la même espèce étudiée pour mon projet de thèse : Molossus molossus. Nous utilisons des émetteurs radio collés avec de la colle spéciale sur le dos des chauves-souris. Ces émetteurs sont constitués d’un capteur (température ou fréquence cardiaque), d’une batterie et d’une antenne qui émet un signal radio à fréquence unique pour chaque émetteur (e.g. 151.357 Mhz). Le nombre de signaux émis par unité de temps est proportionel à la température ou la fréquence cardiaque. Ces informations sont enregistrés à l’aide d’un récepteur radio couplé à un enregistreur et une antenne radio. Les résultats de température et de fréquence cardiaque sont obtenus a posteriori par analyse informatique. Les individus sont également équippés d’un « transpondeur thermomètre », inséré sous la peau des individus. La température est enregistrée à 0.1°C près lorsqu’on approche le lecteur de transpondeurs à une dizaine de centimètres de l’animal.
De retour au Panama, pour une cinquième saison de terrain pour mon doctorat. J’ai trois objectifs bien précis pour cette session : (i) la collecte de données de survie, (ii) la collecte d’échantillons d’ADN et (iii) la manipulation de taille de groupe. C’est la troisième saison consécutive où je capture un réseau d’une dizaine de gîtes où je peux déterminer la taille de groupe.
Lors des captures, les animaux sont marqués individuellement à l’aide de transpondeurs. A l’aide d’analyses statistiques appropriées, je vais pouvoir estimer le taux de survie à partir des taux de recapture et des probabilités de détection. Mon espèce chassant en groupe, la taille de groupe a probablement un effet sur la survie des individus et c’est ce que nous cherchons à déterminer à travers ces analyses. En parallèle, je collecte des biopsies d’ailes (« wingpunch »). Ces échantillons d’ADN vont être génotypés pour obtenir les microsatellites. Ces derniers vont me servir à étudier les relations de parenté des individus au sein des groupes. Je suis particulièrement intéressé par le succès de reproduction des mâles en fonction de la taille de groupe. Je suppose qu’il est plus difficile pour le mâle dominant d’assurer la paternité dans un groupe comportant plus de femelles. Et l’objectif principal de cette mission est d’étudier l’efficacité de chasse (gain de poids par rapport au temps passé en chasse) en fonction de la taille de groupe. Plusieurs de mes colonies sont équipées de systèmes automatiques avec lecteur automatique de transpondeur et balance intégrée. Pour voir l’effet de la taille de groupe, je compare l’efficacité de chasse du groupe de taille normale et de taille modifiée. Pour modifier la taille de groupe, je capture des individus du groupe que je garde quelques jours en captivité. Les individus captifs sont nourris tous les soirs de vers de farine et relâchés très rapidement. J’ai déjà manipulé trois groupes, un quatrième est en cours et un cinquième est à venir dans les prochains jours. Pour le moment, j’ai collecté beaucoup de données que je suis en train d’analyser. Dans le cadre de l'évaluation de mon école doctorale, j'ai préparé un poster pour présenter mes travaux. Et ce poster est disponible au téléchargement !
La semaine passée, je me suis rendu quelques jours en France pour une formation théorique sur la capture des chauves-souris. En parallèle, je me suis rendu au Muséum d'Histoire Naturelle de Paris où j'ai notamment présenté mes travaux dans le cadre du "café scienti" qui se déroule chaque lundi. Et dans un mois, je retourne au village de Gamboa pour capturer de nouvelles chauves-souris et continuer la collecte de données. En attendant, je me concentre sur l'analyse de mes données, surtout les données de survie et les rythmes d'activité et efficacité de chasse de mes chauves-souris. Yann Je suis resté un petit mois à Panama cet été - de la mi-Juillet à la mi-Août. La priorité était de capturer toutes les colonies suivies pour le projet - plus de 20 nuits de captures pour un total d'environ 300 chauves-souris. De nombreuses chauves-souris ont été transpondées et j'ai collecté beaucoup d'échantillons d'ADN (analyses de parenté) et des crottes (études de virus et de régimes alimentaires). Un temps fort de mon séjour fut la capture de 96 animaux en une seule nuit. La capture a commencé à 18 heures et nous avons fini nos manipulations vers 6 heures du matin. J'avais à ma disposition une petite armée du laboratoire pour m'aider - merci à Teague, Basti, Julia, Sebas, Michelle, Toni, Santi, Dallas…
Malheureusement, trois des gîtes avec des systèmes de suivi automatiques ont été abandonnées (probablement à cause de travaux de rénovationà mais nous avons installé deux nouveaux systèmes. J'ai aussi eu l'opportunité de présenter mon projet de doctorat à la communauté scientifique du village où je travaille - un bon exercice avec beaucoup de questions intéressantes. En parallèle, j'ai aidé Sebas pour un projet parallèle. Pour une étude pilote pour sa thèse de master, nous avons équippé quelques chauves-souris avec des émetteurs de fréquence cardiaque et de température. Les chauves-souris équippées sont gardées en captivité et filmées à l'aide d'une caméra infra-rouge. Ces données préliminaires vont permettre de mieux comprendre la relation entre fréquence cardiaque et température corporelle. Ma saison de terrain se termine mais Sebas va rester jusqu'à début Septembre pour réaliser plus d'essais et reprendre le projet en Novembre-Décembre, quand nous serons tous les deux de retour pour une nouvelle session terrain ! Je suis dans mes préparatifs pour une nouvelle saison de terrain. Je décolle direction Panama à la mi-Juillet pour un mois de terrain intensif. Mon but est de capturer toutes les colonies de mon espèce-modèle - Molossus molossus - déjà étudiées lors des précédentes missions de terrain. Lors de ces captures, je collecterai des échantillons d'ADN. Je m'assurerai aussi que tous les individus sont équipés avec des transpondeurs. Ces derniers - de la taille d'un grain de riz - permettent un suivi des animaux tout au long de leur vie, à l'aide d'un transponder manuel ou automatique à l'entrée du gîte. Cette méthode me permet d'obtenir de nombreuses données sur la dispersion, la composition des groupes et la survie notamment.
Un étudiant de Master allemand va m'aider à capturer les différentes colonies. En parallèle, il va s'occuper d'expériences en captivité pour sa thèse de Master. Son projet se concentre sur la relation entre fréquence cardiaque et température pour mieux comprendre le taux métabolique des animaux tropicaux. Cette saison de terrain constitue mon avant-dernier déplacement au Panama pour la collecte de données pour mon doctorat. Ma dernière mission est planifiée pour Novembre-Décembre. J'aurais ensuite un an et demi pour travailler au labo sur mes échantillons d'ADN, pour analyser les données et écrire ma thèse de doctorat. Je repars pour une troisième saison dans le village de Gamboa au Panama la semaine prochaine. Au programme: poursuite de la collecte de données sur mon espèce modèle du doctorat: Molossus molossus. Et une mission de terrain, ça ne s'improvise pas !
Comme pour tous les voyages, j'organise pour moi et mon assistant le logement et les transports (avion, train, taxi...). Avec mon assistant breton, nous allons résider dans des appartements mis à disposition par l'institut d'accueil, le Smithsonian Tropical Research Institute. Ces résidences se situent dans le village, à proximité de mes gîtes de chauves-souris. Pour effectuer mes recherches en toute légalité, des permis de collecte des échantillons (peau, guano) doivent être rédigés en espagnol, envoyés aux autorités panaméennes avant vérification. A l'approche de mon départ, je devrais envoyer un compte-rendu de mes collectes et demander un permis d'exportation pour pouvoir ramener les échantillons collectés en Allemagne. Et pour compléter l'organisation du terrain, rien ne doit être laissé au hasard dans la préparation du matériel. Vérification des filets, préparation du matériel de télémétrie, test des appareils électroniques, préparation du matériel pour la collecte d'échantillons...la liste est longue ! Et avant de partir, je peaufine mon programme à venir pour ces 11 semaines sur le terrain. Captures, prélèvements d'échantillons, radio-tracking... Plus de nouvelles quand je serai sur le terrain ! La semaine dernière a été assez intense avec trois réunions différentes !
La première réunion a été mon comité de thèse avec mes conseillers. Un an après le début de ma thèse, cette réunion avait pour but de parler des accomplissements, d'identifier les faiblesses et de discuter du programme de l'année prochaine. Le principal conseil (utile pour moi, mais tous les étudiants en général) - ne négligez pas la lecture des journaux et des livres ...Avec toutes les autres tâches (travail sur le terrain, logistique ...), cette tâche peut-être facilement mise de côté. La deuxième réunion était une sorte de remue-méninges. Avec des collègues de l'Institut Max Planck d'ornithologie, nous avons discuté des données des systèmes automatisés de balance que j'ai installés au Panama. Les discussions m'ont aidé à obtenir des conseils intéressants sur la façon d'analyser mes données et d'extraire l'information essentielle. Dans les prochaines semaines, je vais essayer d'avancer sur ces analyses automatisées. Pour finir, la troisième réunion portait sur la session tracking qui aura lieu au printemps 2013. Cette session réunira le terrain le suivi des Molossus molossus et Uroderma bilobatum pour comprendre la recherche de chasse coopérative chez ces deux espèces. La réunion avait pour but de parler des méthodes et de la logistique. Un billet de blog (au moins) à ce sujet sera posté ici au printemps prochain :). C'est le titre d'un article de Pierre Barthélémy, publié dans le journal "Le Monde".
Une bonne introduction à la recherche scientifique pour les novices ! Et pour rappel, j'ai déjà participé à deux publications scientifiques grâce à mon terrain en Irlande, disponibles sur mon site à cette adresse :). Un petit article sur les PIT tags a été publié dans la newsletter de STRI du mois de Juin. Ma directrice de thèse et moi utilisons cette technologie pour reconnaître les chauves-souris marquées, soit à l'aide d'un lecteur de transpondeur manuel
soit à travers les balances automatiques que j'ai installées à Gamboa. Ci-dessous une traduction de l'article. "Comment peut-on suivre les allées et venues des chauves-souris, oiseaux, grenouilles et autres animaux? A l'aide d'un "PIT tag" de la taille d'un grain de riz injecté sous la peau, il est possible d'identifier les individus en utilisant un lecteur de transpondeurs manuel. Ces balises à transpondeur passif intégré sont composées d'une petite capsule de verre contenant des bobines électromagnétiques agissent comme un récepteur / émetteur combiné. Lorsqu'elles sont déclenchées par un signal d'interrogation, l'antenne dans la balise utilise la tension générée par le signal pour rayonner un champ magnétique alternatif codé avec un numéro d'identification unique. Cette technologie a été développée dans les années 1940 pour distinguer les avions amis des avions ennemis. Le même concept vous permet d'ouvrir une porte en agitant une carte devant un lecteur. Depuis les années 1980, les PIT tags ont été utilisés pour surveiller les populations de poissons et identifier les animaux de zoo et animaux de compagnie. La technologie d'identification par radiofréquence à l'aide de PIT tags permit aussi le suivi des marchandises dans la chaîne d'approvisionnement mondiale. Ce PIT tag de sept millimètres de long coûte un peu moins de 5,00$ par unité." |
AuteurNotes sur la vie d'un thésard à l'étranger, pour la famille, les amis et tous les curieux :) ! Archives
June 2015
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