En plus de mon projet de thèse, j’assiste Sébastien pour son projet de Master. Le but du projet est d’étudier la relation entre température, fréquence cardiaque et taille de groupe. Nous travaillons sur la même espèce étudiée pour mon projet de thèse : Molossus molossus. Nous utilisons des émetteurs radio collés avec de la colle spéciale sur le dos des chauves-souris. Ces émetteurs sont constitués d’un capteur (température ou fréquence cardiaque), d’une batterie et d’une antenne qui émet un signal radio à fréquence unique pour chaque émetteur (e.g. 151.357 Mhz). Le nombre de signaux émis par unité de temps est proportionel à la température ou la fréquence cardiaque. Ces informations sont enregistrés à l’aide d’un récepteur radio couplé à un enregistreur et une antenne radio. Les résultats de température et de fréquence cardiaque sont obtenus a posteriori par analyse informatique. Les individus sont également équippés d’un « transpondeur thermomètre », inséré sous la peau des individus. La température est enregistrée à 0.1°C près lorsqu’on approche le lecteur de transpondeurs à une dizaine de centimètres de l’animal.
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De retour au Panama, pour une cinquième saison de terrain pour mon doctorat. J’ai trois objectifs bien précis pour cette session : (i) la collecte de données de survie, (ii) la collecte d’échantillons d’ADN et (iii) la manipulation de taille de groupe. C’est la troisième saison consécutive où je capture un réseau d’une dizaine de gîtes où je peux déterminer la taille de groupe.
Lors des captures, les animaux sont marqués individuellement à l’aide de transpondeurs. A l’aide d’analyses statistiques appropriées, je vais pouvoir estimer le taux de survie à partir des taux de recapture et des probabilités de détection. Mon espèce chassant en groupe, la taille de groupe a probablement un effet sur la survie des individus et c’est ce que nous cherchons à déterminer à travers ces analyses. En parallèle, je collecte des biopsies d’ailes (« wingpunch »). Ces échantillons d’ADN vont être génotypés pour obtenir les microsatellites. Ces derniers vont me servir à étudier les relations de parenté des individus au sein des groupes. Je suis particulièrement intéressé par le succès de reproduction des mâles en fonction de la taille de groupe. Je suppose qu’il est plus difficile pour le mâle dominant d’assurer la paternité dans un groupe comportant plus de femelles. Et l’objectif principal de cette mission est d’étudier l’efficacité de chasse (gain de poids par rapport au temps passé en chasse) en fonction de la taille de groupe. Plusieurs de mes colonies sont équipées de systèmes automatiques avec lecteur automatique de transpondeur et balance intégrée. Pour voir l’effet de la taille de groupe, je compare l’efficacité de chasse du groupe de taille normale et de taille modifiée. Pour modifier la taille de groupe, je capture des individus du groupe que je garde quelques jours en captivité. Les individus captifs sont nourris tous les soirs de vers de farine et relâchés très rapidement. J’ai déjà manipulé trois groupes, un quatrième est en cours et un cinquième est à venir dans les prochains jours. Pour le moment, j’ai collecté beaucoup de données que je suis en train d’analyser. Je suis resté un petit mois à Panama cet été - de la mi-Juillet à la mi-Août. La priorité était de capturer toutes les colonies suivies pour le projet - plus de 20 nuits de captures pour un total d'environ 300 chauves-souris. De nombreuses chauves-souris ont été transpondées et j'ai collecté beaucoup d'échantillons d'ADN (analyses de parenté) et des crottes (études de virus et de régimes alimentaires). Un temps fort de mon séjour fut la capture de 96 animaux en une seule nuit. La capture a commencé à 18 heures et nous avons fini nos manipulations vers 6 heures du matin. J'avais à ma disposition une petite armée du laboratoire pour m'aider - merci à Teague, Basti, Julia, Sebas, Michelle, Toni, Santi, Dallas…
Malheureusement, trois des gîtes avec des systèmes de suivi automatiques ont été abandonnées (probablement à cause de travaux de rénovationà mais nous avons installé deux nouveaux systèmes. J'ai aussi eu l'opportunité de présenter mon projet de doctorat à la communauté scientifique du village où je travaille - un bon exercice avec beaucoup de questions intéressantes. En parallèle, j'ai aidé Sebas pour un projet parallèle. Pour une étude pilote pour sa thèse de master, nous avons équippé quelques chauves-souris avec des émetteurs de fréquence cardiaque et de température. Les chauves-souris équippées sont gardées en captivité et filmées à l'aide d'une caméra infra-rouge. Ces données préliminaires vont permettre de mieux comprendre la relation entre fréquence cardiaque et température corporelle. Ma saison de terrain se termine mais Sebas va rester jusqu'à début Septembre pour réaliser plus d'essais et reprendre le projet en Novembre-Décembre, quand nous serons tous les deux de retour pour une nouvelle session terrain ! Je suis dans mes préparatifs pour une nouvelle saison de terrain. Je décolle direction Panama à la mi-Juillet pour un mois de terrain intensif. Mon but est de capturer toutes les colonies de mon espèce-modèle - Molossus molossus - déjà étudiées lors des précédentes missions de terrain. Lors de ces captures, je collecterai des échantillons d'ADN. Je m'assurerai aussi que tous les individus sont équipés avec des transpondeurs. Ces derniers - de la taille d'un grain de riz - permettent un suivi des animaux tout au long de leur vie, à l'aide d'un transponder manuel ou automatique à l'entrée du gîte. Cette méthode me permet d'obtenir de nombreuses données sur la dispersion, la composition des groupes et la survie notamment.
Un étudiant de Master allemand va m'aider à capturer les différentes colonies. En parallèle, il va s'occuper d'expériences en captivité pour sa thèse de Master. Son projet se concentre sur la relation entre fréquence cardiaque et température pour mieux comprendre le taux métabolique des animaux tropicaux. Cette saison de terrain constitue mon avant-dernier déplacement au Panama pour la collecte de données pour mon doctorat. Ma dernière mission est planifiée pour Novembre-Décembre. J'aurais ensuite un an et demi pour travailler au labo sur mes échantillons d'ADN, pour analyser les données et écrire ma thèse de doctorat. Nous avons suivi deux espèces de chauves-souris en télémetrie durant ces dernières semaines.
Pour le projet de Teague sur le transfert de l'information entre chauves-souris, nous avons suivi Uroderma bilobatum, une petite chauve-souris se nourrisant de figures. Pendant 10 jours, nous avons suivi entre deux et quatre animaux entre 19 heures-5 heures pour en savoir plus sur leurs sites d''alimentation et savoir si les chauves-souris cherchaient leur nourriture ensemble. Deux de nos chauves-souris semblent s'être alimenter sur le même figuier, des études complémentaires sont nécessaires pour prouver ces observations. En parallèle, nous avons suivi une colonie de 11 Molossus molossus - l'espèce modèle de mon doctorat. Le but de cette étude était d'en apprendre plus sur la chasse en groupe chez cette espèce. Malheureusement, tous les colliers avec les émetteurs ont été enlevés par les animaux au bout de 2 jours. Nous avons réalisé des tests additionels de colliers en captivité sans grand succès. Faute de collier approprié, nous avons du annuler la session de télémétrie. Le programme du mois restant est maintenant dédié à de la collecte de données et aussi quelques analyses de données. Je repars pour une troisième saison dans le village de Gamboa au Panama la semaine prochaine. Au programme: poursuite de la collecte de données sur mon espèce modèle du doctorat: Molossus molossus. Et une mission de terrain, ça ne s'improvise pas !
Comme pour tous les voyages, j'organise pour moi et mon assistant le logement et les transports (avion, train, taxi...). Avec mon assistant breton, nous allons résider dans des appartements mis à disposition par l'institut d'accueil, le Smithsonian Tropical Research Institute. Ces résidences se situent dans le village, à proximité de mes gîtes de chauves-souris. Pour effectuer mes recherches en toute légalité, des permis de collecte des échantillons (peau, guano) doivent être rédigés en espagnol, envoyés aux autorités panaméennes avant vérification. A l'approche de mon départ, je devrais envoyer un compte-rendu de mes collectes et demander un permis d'exportation pour pouvoir ramener les échantillons collectés en Allemagne. Et pour compléter l'organisation du terrain, rien ne doit être laissé au hasard dans la préparation du matériel. Vérification des filets, préparation du matériel de télémétrie, test des appareils électroniques, préparation du matériel pour la collecte d'échantillons...la liste est longue ! Et avant de partir, je peaufine mon programme à venir pour ces 11 semaines sur le terrain. Captures, prélèvements d'échantillons, radio-tracking... Plus de nouvelles quand je serai sur le terrain ! Pour mon terrain de doctorat au Panama, j"utilise une grande variété d'outils pour mesurer, transponder et échantillonner les chauves-souris que j'attrape, souvent avec l'aide d'assistants sur le terrain ou des collègues. J'utilise en général 7 outils, décrits ici et montré sur la photo ci-dessous. 1. Le premier outil est une balance utilisée pour mesurer le poids de la chauve-souris (l'animal est placé dans un sac en tissus). Cette caractéristique donne une bonne idée de l'âge de la chauve-souris ou si elle a mangé. Par example, un individu de Molossus molossus pèse environ 10g espèces et peut peser 3 à 4 grammes de plus après avoir mangé. 1. Le second outil est un pied à coulisse, qui sert à mesurer la longueur de l'avant-bras. Cette measure est souvent utilisée pour différencier les différentes espèces de chauves-souris. 3. Les troisième et quatrième outils sont un injecteur de transpondeur manuel équipé d'une aiguille. L'aiguille contient le transpondeur qui sera rapidement injecté sous la peau chauve-souris de la chauve-souris. Il s'agit d'une opération délicate, mais je me suis entraîné et je procède rapidement. Le transpondeur - qui possède un numéro d'identification individuel - sera injecté une fois et ce pour toute la vie de la chauve-souris. Une fois que le transpondeur est inséré, je vérifie le numéro de transpondeur avec une lecteur de transpondeur manuel. 4. Pour prélever l'ADN, j'utilise un poinçon. Cet outil est constitué d'un anneau métallique de 3 mm de diamètre monté sur un tube en plastique. L'ADN est prélevé sur la membrane de l'aile, le "wingpunch" est ensuite stocké dans un petit tube d''éthanol. L'échantillonnage sur la membrane de l'aile est idéal car cette partie du corps contient beaucoup d'ADN et la cicatrisation est très rapide (environ 2 semaines). Une autre histoire commence après l'exportation des échantillons, l'extraction de l'ADN en laboratoire et bien sûr les analyses ... Merci à Hyuen-Ji Lee pour le cliché :).
PS: Tous ces manipulations et prélévements sont bien sûrs réalisés avec les autorisations adéquates du gouvernement de Panama. Une année s'est écoulée depuis que j'ai commencé mon doctorat.
Une grande partie de mon temps et de mon énergie s'est concentré dans cette saison sur le terrain (mi-Mars jusqu'à fin Juillet) dans le village de Gamboa au Panama. Le but de cette expédition était d'attraper les chauves-souris de plusieurs colonies de mon espèce modèle - Molossus molossus - afin de les équiper avec des transpondeurs. Après de nombreuses heures de coupe de bois et de contrôle vidéo, j'ai réussi à installer trois balances automatiques qui détectent l'activité individuelle des chauves-souris par leurs transpondeurs. Un contact à Gamboa m'envoie par courriel les données sur une base hebdomadaire. Et mon programme actuel pour les semaines à venir est d'essayer d'extraire la meilleure information de cette grande source de données. Je travaille aussi à l'écriture de l'introduction pour mon doctorat - en parallèle avec l'organisation du terrain our la session de Novembre-Décembre (6 semaines) et la session de télémétrie à venir au printemps 2013... Restez à l'écoute :). Pour cette dernière nuit de terrain de ma saison 2012, j'ai accompagné 3 collègues de travail du labo de Rachel Page
- May, Jessie et Wouter - pour une soirée de capture à essayer d'attraper Trachops cirrhosus, la chauve-souris mangeuse de grenouilles. Cette espèce modèle est utilisée dans le labo pour des études expérimentales. Nous avons attrapé un individu de l'espèce, un jeune attrapé quelques semaines auparavant. Lors de sa première capture, la chauve-souris avait été équipée avec un transpondeur sous-cutané (PIT tag) qui a permis la reconnaissance de l'animal à l'aide d'un lecteur de transpondeurs manuel. La capture de Phyllostomus hastatus, une chauve-souris se nourissant de plantes, fut la grande surprise de la soirée. Cette espèce est l'une des plus grandes rencontrée dans les tropiques américaines. C'est aussi une espèce modèle dans l'étude de la socialité des chauves-souris. Nous avons aussi attrapé d'autres espèces, plusieurs individus d'Artibeus jamaicensis et deux individus de Pteronotus parnellii, une chauve-souris appartenant à une espèce que je n'ai jamaie vue. Les deux animaux de sont malheureusement échappés du filet avant que je ne puisse les voir, ce sera pour une prochaine session de terrain ! Un petit article sur les PIT tags a été publié dans la newsletter de STRI du mois de Juin. Ma directrice de thèse et moi utilisons cette technologie pour reconnaître les chauves-souris marquées, soit à l'aide d'un lecteur de transpondeur manuel
soit à travers les balances automatiques que j'ai installées à Gamboa. Ci-dessous une traduction de l'article. "Comment peut-on suivre les allées et venues des chauves-souris, oiseaux, grenouilles et autres animaux? A l'aide d'un "PIT tag" de la taille d'un grain de riz injecté sous la peau, il est possible d'identifier les individus en utilisant un lecteur de transpondeurs manuel. Ces balises à transpondeur passif intégré sont composées d'une petite capsule de verre contenant des bobines électromagnétiques agissent comme un récepteur / émetteur combiné. Lorsqu'elles sont déclenchées par un signal d'interrogation, l'antenne dans la balise utilise la tension générée par le signal pour rayonner un champ magnétique alternatif codé avec un numéro d'identification unique. Cette technologie a été développée dans les années 1940 pour distinguer les avions amis des avions ennemis. Le même concept vous permet d'ouvrir une porte en agitant une carte devant un lecteur. Depuis les années 1980, les PIT tags ont été utilisés pour surveiller les populations de poissons et identifier les animaux de zoo et animaux de compagnie. La technologie d'identification par radiofréquence à l'aide de PIT tags permit aussi le suivi des marchandises dans la chaîne d'approvisionnement mondiale. Ce PIT tag de sept millimètres de long coûte un peu moins de 5,00$ par unité." |
AuteurNotes sur la vie d'un thésard à l'étranger, pour la famille, les amis et tous les curieux :) ! Archives
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