J'ai replongé la tête dans les congélateurs pour retrouver des échantillons d'ADN de mon terrain à Panama. Je vais relancer le séquençage d'un "barcode génétique" pour voir quelle espèce de Molosse j'ai capturé durant mon terrain. Cette manip de labo me sera nécessaire pour boucler mon deuxième chapitre qui sera un mix entre analyses morphologiques, analyses génétiques et analyses acoustiques (ultrasons)!
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Beaucoup de progrès depuis la fin du mois de Mars. Je suis parti une semaine dans la maison de vacances de ma chef pour apporter la touche finale à mon premier chapitre de thèse sur la survie et la taille de groupe chez mon espèce de chauve-souris qui chasse en groupe. Le manuscrit est passé entre les mains de tous les co-auteurs et j'ai enfin pu soumettre à un premier journal à la mi-Mai. Réponse négative (23 heures top chrono) mais j'ai resoumis le manuscript ce mardi pour un autre journal. Déjà plus de 23 heures, je croise les doigts :).
Sinon, je reviens tout juste d'une conférence à Toulouse, Ecology and Behavior 2015. Très bonne conférence, j'ai recontré tout pleins de jeunes thésards motivés, des français mais aussi beaucoup d'étrangers. J'ai également présenté mes analyses de masse, ce qui constituera sûrement mon troisième chapitre! Première fois que je participe à cette conférence, je la recommande vivement, pour la diversité et la qualité des exposés présentés et aussi la bonne ambiance générale. Tout juste de retour au bureau, je prépare mon second chapitre sur la génétique de mes chauves-souris. Retour à mon expertise du master, j'aligne des gènes et des arbres phylogénétiques! Je vais également retourner au labo pour séquencer un gène pour quelques individus et vérifier l'espèce! Pas le temps de s'ennuyer! Des nouvelles très bientôt! Le temps est venu de faire une petite mise à jour de mes pérégrinations ! Je consacre la plupart de mon temps à jongler entre analyse et écriture de mon premier chapitre de thèse. Durant le mois de Février, j’ai pu assister à deux cours d’écriture organisés par mon école doctorale – IMPRS for Organismal Biology - pour avancer sur l’écriture de ce premier chapitre. Le premier cours s’est déroulé fin Janvier dans un cloître en périphérie de Konstanz et le second mi-Février à Berlin dans le centre de conférences Harnack Haus de la société Max Planck. Je continue actuellement les analyses et l’écriture pour boucler au plus rapidement ce premier chapitre.
Je travaille également sur les analyses statistiques de mon second chapitre de thèse. J’ai notamment participé à un atelier statistiques à mon institut courant Janvier organisé par mon école doctoral. J’ai eu l’occassion de présenter ces premier résultats à plusieurs reprises : la première fois durant les rencontres de mon institut début Février à Nördlingen, la seconde fois à mon institut à Radolfzell (quand) et la troisième fois aux rencontres internationales sur les chauves-souris de Berlin (« International Berlin Bat Meeting 2015 ») devant de nombreux chercheurs renommés. Le clou de cette conférence était le dîner entouré des squelettes de dinosaures dans le Muséum d’Histoire Naturelle de Berlin (« Musem für Naturkunde Berlin »). Par ailleurs, j’ai participé à trois autres conférences, la première début Janvier pour les rencontres des chercheurs allemands sur les chauves-souris (« Treffen Deutscher Fledermausforscher 2015 »). Le début de semaine dernière se déroulait le symposium de sélection des nouveaux candidats pour mon école doctorale, j’ai assisté à deux jours d’exposés et réalisé une visite guidée de mon institut pour leur faire découvrir. Et ce week-end, j’étais à Sittendorf (Saxony-Anhalt) pour les rencontres Chauves-souris et télémétrie (« Fledermäuse & Telemetrie ») pour présenter la méthode d’attache des colliers pour le suivi des chauves-souris devéloppée dans mon labo et aussi testée durant mon terrain au Panama. La conférence s’est déroulée dans la réserve de Biosphère Karstlandschaft Südharz. Le programme des mois prochains semble moins chargé, avec pour l’instant un autre atelier statistiques pour avancer sur les résultats de mon second chapitre et la conférence « Ecology and Behavior 2015 » à Toulouse pour montrer ces nouveaux résultats. A bientôt pour plus de nouvelles ! Quelques nouvelles fraîches depuis le Sud de l'Allemagne ! Après le labo à Londres pour extraire les données génétiques, j'ai passé le plus clair de mon temps à analyser les données de survie et à écrire mon premier manuscrit. Le manuscrit - premier chapitre de ma thèse - approche de sa version finale est devrait partir à soumission à la fin de cette année ou au début de l'année prochaine...
J'ai déjà présenté la majorité des résultats de ce manuscrit lors du Symposium européen de recherche sur les chauves-souris qui s'est déroulé en Croatie du 1er au 5 Septembre. Le prochain exposé au programme est prévu le 15 Décembre à mon ancien institut, l'Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier. Je présenterai sûrement quelques résultats des analyses de survie et aussi mes nouveaux résultats d'efficacité de chasse obtenus avec mes balances automatiques installés à l'entrée des gîtes de mes groupes sociaux de Molossus molossus... J'ai terminé une étape cruciale dans mon doctorat car j'ai terminé de collecter les données sur le terrain. J'ai ramené de nombreux échantillons d'ADN de mes colonies de chauves-souris au Panama que je suis actuellement en train d'étudier. La première étape consistait à "extraire l'ADN" des tissus, c'est à dire isoler l'ADN des tissus ou des cellules. Un grand merci à Evi, la technicienne de labo en Allemagne qui m'a beaucoup aidé pour cette partie très chronophage. Je suis actuellement à Londres, dans le labo de Stephen Rossiter à la Queen Mary University of London pour l'étape suivante. Une fois l'ADN extrait, je m'occupe d'obtenir l'information génétique des individus. Pour ce faire, j'utilise la méthode des microsatellites - des séquences d'ADN à motifs particuliers. Ces microsatellites sont utiles pour étudier les liens de parenté entre individus. Le but de mon séjour à Londres est de constituer ce jeu de données génétiques qui me serviront plus tard à réaliser ces analyses de parenté. Quelques photos ci-dessous pour illustrer mon travail au laboratoire. En plus de mon projet de thèse, j’assiste Sébastien pour son projet de Master. Le but du projet est d’étudier la relation entre température, fréquence cardiaque et taille de groupe. Nous travaillons sur la même espèce étudiée pour mon projet de thèse : Molossus molossus. Nous utilisons des émetteurs radio collés avec de la colle spéciale sur le dos des chauves-souris. Ces émetteurs sont constitués d’un capteur (température ou fréquence cardiaque), d’une batterie et d’une antenne qui émet un signal radio à fréquence unique pour chaque émetteur (e.g. 151.357 Mhz). Le nombre de signaux émis par unité de temps est proportionel à la température ou la fréquence cardiaque. Ces informations sont enregistrés à l’aide d’un récepteur radio couplé à un enregistreur et une antenne radio. Les résultats de température et de fréquence cardiaque sont obtenus a posteriori par analyse informatique. Les individus sont également équippés d’un « transpondeur thermomètre », inséré sous la peau des individus. La température est enregistrée à 0.1°C près lorsqu’on approche le lecteur de transpondeurs à une dizaine de centimètres de l’animal.
De retour au Panama, pour une cinquième saison de terrain pour mon doctorat. J’ai trois objectifs bien précis pour cette session : (i) la collecte de données de survie, (ii) la collecte d’échantillons d’ADN et (iii) la manipulation de taille de groupe. C’est la troisième saison consécutive où je capture un réseau d’une dizaine de gîtes où je peux déterminer la taille de groupe.
Lors des captures, les animaux sont marqués individuellement à l’aide de transpondeurs. A l’aide d’analyses statistiques appropriées, je vais pouvoir estimer le taux de survie à partir des taux de recapture et des probabilités de détection. Mon espèce chassant en groupe, la taille de groupe a probablement un effet sur la survie des individus et c’est ce que nous cherchons à déterminer à travers ces analyses. En parallèle, je collecte des biopsies d’ailes (« wingpunch »). Ces échantillons d’ADN vont être génotypés pour obtenir les microsatellites. Ces derniers vont me servir à étudier les relations de parenté des individus au sein des groupes. Je suis particulièrement intéressé par le succès de reproduction des mâles en fonction de la taille de groupe. Je suppose qu’il est plus difficile pour le mâle dominant d’assurer la paternité dans un groupe comportant plus de femelles. Et l’objectif principal de cette mission est d’étudier l’efficacité de chasse (gain de poids par rapport au temps passé en chasse) en fonction de la taille de groupe. Plusieurs de mes colonies sont équipées de systèmes automatiques avec lecteur automatique de transpondeur et balance intégrée. Pour voir l’effet de la taille de groupe, je compare l’efficacité de chasse du groupe de taille normale et de taille modifiée. Pour modifier la taille de groupe, je capture des individus du groupe que je garde quelques jours en captivité. Les individus captifs sont nourris tous les soirs de vers de farine et relâchés très rapidement. J’ai déjà manipulé trois groupes, un quatrième est en cours et un cinquième est à venir dans les prochains jours. Pour le moment, j’ai collecté beaucoup de données que je suis en train d’analyser. Dans le cadre de l'évaluation de mon école doctorale, j'ai préparé un poster pour présenter mes travaux. Et ce poster est disponible au téléchargement !
La semaine passée, je me suis rendu quelques jours en France pour une formation théorique sur la capture des chauves-souris. En parallèle, je me suis rendu au Muséum d'Histoire Naturelle de Paris où j'ai notamment présenté mes travaux dans le cadre du "café scienti" qui se déroule chaque lundi. Et dans un mois, je retourne au village de Gamboa pour capturer de nouvelles chauves-souris et continuer la collecte de données. En attendant, je me concentre sur l'analyse de mes données, surtout les données de survie et les rythmes d'activité et efficacité de chasse de mes chauves-souris. Yann Je suis resté un petit mois à Panama cet été - de la mi-Juillet à la mi-Août. La priorité était de capturer toutes les colonies suivies pour le projet - plus de 20 nuits de captures pour un total d'environ 300 chauves-souris. De nombreuses chauves-souris ont été transpondées et j'ai collecté beaucoup d'échantillons d'ADN (analyses de parenté) et des crottes (études de virus et de régimes alimentaires). Un temps fort de mon séjour fut la capture de 96 animaux en une seule nuit. La capture a commencé à 18 heures et nous avons fini nos manipulations vers 6 heures du matin. J'avais à ma disposition une petite armée du laboratoire pour m'aider - merci à Teague, Basti, Julia, Sebas, Michelle, Toni, Santi, Dallas…
Malheureusement, trois des gîtes avec des systèmes de suivi automatiques ont été abandonnées (probablement à cause de travaux de rénovationà mais nous avons installé deux nouveaux systèmes. J'ai aussi eu l'opportunité de présenter mon projet de doctorat à la communauté scientifique du village où je travaille - un bon exercice avec beaucoup de questions intéressantes. En parallèle, j'ai aidé Sebas pour un projet parallèle. Pour une étude pilote pour sa thèse de master, nous avons équippé quelques chauves-souris avec des émetteurs de fréquence cardiaque et de température. Les chauves-souris équippées sont gardées en captivité et filmées à l'aide d'une caméra infra-rouge. Ces données préliminaires vont permettre de mieux comprendre la relation entre fréquence cardiaque et température corporelle. Ma saison de terrain se termine mais Sebas va rester jusqu'à début Septembre pour réaliser plus d'essais et reprendre le projet en Novembre-Décembre, quand nous serons tous les deux de retour pour une nouvelle session terrain ! Je suis dans mes préparatifs pour une nouvelle saison de terrain. Je décolle direction Panama à la mi-Juillet pour un mois de terrain intensif. Mon but est de capturer toutes les colonies de mon espèce-modèle - Molossus molossus - déjà étudiées lors des précédentes missions de terrain. Lors de ces captures, je collecterai des échantillons d'ADN. Je m'assurerai aussi que tous les individus sont équipés avec des transpondeurs. Ces derniers - de la taille d'un grain de riz - permettent un suivi des animaux tout au long de leur vie, à l'aide d'un transponder manuel ou automatique à l'entrée du gîte. Cette méthode me permet d'obtenir de nombreuses données sur la dispersion, la composition des groupes et la survie notamment.
Un étudiant de Master allemand va m'aider à capturer les différentes colonies. En parallèle, il va s'occuper d'expériences en captivité pour sa thèse de Master. Son projet se concentre sur la relation entre fréquence cardiaque et température pour mieux comprendre le taux métabolique des animaux tropicaux. Cette saison de terrain constitue mon avant-dernier déplacement au Panama pour la collecte de données pour mon doctorat. Ma dernière mission est planifiée pour Novembre-Décembre. J'aurais ensuite un an et demi pour travailler au labo sur mes échantillons d'ADN, pour analyser les données et écrire ma thèse de doctorat. |
AuteurNotes sur la vie d'un thésard à l'étranger, pour la famille, les amis et tous les curieux :) ! Archives
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